ご本尊は、国の重要文化財(旧国宝)に指定されている霊験あらたかな秘仏・薬師如来坐像です。インド風密教尊像をもとにしたとされる薬師如来坐像は、「見る人の心によって変わる」といわれる慈愛に満ちた表情が印象的です。
江戸前期に活躍した仏師・円空は、この仏像に感銘を受け、生涯に十二万体の仏像を彫ることを誓ったと言われています。この秘仏は本堂とともに国宝(現在は国の重要文化財)に指定され、50年に一度御開帳されています。

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面白い特徴のひとつは、寺の隣に神社があることです。仏教が普及する過程で、伝統的な神道との融合が図られた、いわゆる「神仏習合」の名残。現在このような形式が残るところは非常に少ないとされています。